En 1697, les traités de Ryswick signés à Rijswijk, ville hollandaise des faubourgs de La Haye, mettent fin à la guerre de la Ligue d'Augsbourg entre Louis XIV et la Grande Alliance. La France perd la place forte de Brisach sur la rive allemande du Rhin. Afin de combler la perte de l'ancienne place forte, qui laisse un vide défensif entre Strasbourg et Mulhouse, Louis XIV décide de la construction d'une nouvelle ville fortifiée face à Brisach pour prévenir toute invasion d'outre-Rhin. Il en confie l'étude à ses architectes Vauban et Jacques Tarade.
Louis XIV choisit, entre trois projets, une place forte au plan octogonal ; la construction débute le 18 octobre 1698 avec la pose de la première pierre. Un canal est spécialement creusé jusqu’aux Vosges pour acheminer le grès rose nécessaire à la construction. Les fortifications de la nouvelle citadelle sont achevées en 1702 ; le 11 octobre 1731 a lieu la pose de la première pierre de l'église Saint-Louis, achevée en 1736. La mairie est achevée en 1758.
En dehors d'une alerte, en 1743, elle n'a jamais joué de rôle dans l'histoire de l'Europe, ni même dans l'histoire locale. Après avoir été investie à deux reprises en 1814 et 1815, c'est en novembre 1870 que Neuf-Brisach est assiégée pour la première fois.
Sa garnison de 5 500 hommes enfermée dans des fortifications surannées s'oppose vainement aux troupes allemandes. Si la ville est partiellement détruite par les bombardements, elle sera reconstruite. Devenu une place forte allemande, ses fortifications largement modifiées à partir des années 1875 pour s'adapter au nouvelles conditions de la guerre et réaliser le cœur de l'importante tête de pont allemande de Neuf-Brisach (Brückenkopf Neubreisach). Cette tête de pont équipée des matériels les plus modernes est un ensemble majeur des fortifications du Rhin supérieur.
Une ligne de chemin de fer est construite sur une partie des dehors murs. Du fait de son enclavement dans les fortifications, la ville n'a pas de possibilité d'extension. Sa garnison est dissoute en 1992.
Neuf-Brisach, dernière fortification construite ex nihilo par Vauban, est considérée comme l’aboutissement de son œuvre en matière d'architecture militaire. La ville sévèrement touchée par les bombardements américains de 1945 est aujourd’hui restaurée et, depuis juillet 2008, fait partie des douze fortifications majeures de Vauban qui sont classées au patrimoine mondial de l'UNESCO.
Quelques dates :
- En 1792, le général Favart d'Herbigny commandait la défense de Neuf-Brisach.
- En 1793, Jean-Antoine Louis fit libérer des officiers municipaux du village accusés d'avoir refusé d'obéir aux réquisitions militaires des deux pro-consuls d'Alsace, Saint-Just et Lebas.
- Le 4octobre1793, le général de division François-Joseph Offenstein (1760-1837) fut nommé commandant de la place de Neuf-Brisach en remplacement du général Gromard, suspendu.